生物钟是大脑内下丘脑等器官所控制的一种人体生理周期，主要和昼夜觉醒等功能有关。在生物钟的影响下日出而作、日落而息，生活很有规律。
生物钟主要和大脑内下丘脑的视交叉上核有关系，几乎所有的哺乳动物生物钟功能都是受口腔上腭上方、大脑内下丘脑的控制。它使我们有规律地睡眠，天黑就睡觉，早上就清醒过来。
如果生物钟功能紊乱，就会出现失眠、昼夜颠倒，患者白天因为睡眠不足而精神萎靡、脾气暴躁。生物钟功能的正常，有赖于良好的生活方式，比如作息规律、不要精神压力过大、放松心情、戒烟、戒酒。