生物钟乱了最直接的后果就是导致睡眠障碍，致使睡眠质量下降，睡眠时间不足，长此以往思维能力也会逐渐下降。
在白天时还经常会表现出精神状态不佳、身体乏力，工作以及学习效率都会明显降低，容易在工作当中犯一些错误，没有充足的精力更好学习，严重影响日常的工作和学习。而且长期存在睡眠障碍也会影响人的食欲，出现食欲减退，长时间得不到足够的营养支持免疫力也会逐渐下降，容易生病。
因此，如果出现了生物钟紊乱的情况，应及时从生活方式方面进行调整，规律作息，必要时可应用艾司唑仑、右佐匹克隆等安眠药物。