早上空腹跑步肚子痛可能在空腹的状态下剧烈运动，导致肠痉挛引起的疼痛。
其次，早上室外的空气比较凉，如果不注意保暖，凉气入侵导致肠蠕动加快引起肠痉挛，也会出现腹部疼痛的症状。另外，早上起床胃部空虚，胃酸比较多，跑步的时候胃酸会对胃黏膜造成直接的刺激，会引起胃部疼痛也会导致肚子疼。
除此以外，空腹跑步时肚子疼也可考虑与牵扯痛有关。如果有内脏疼痛的情况，牵扯到腹腔的体表部位，也会导致腹部出现明显的疼痛，腹腔有感染也会引起疼痛。尤其剧烈运动时，疼痛还会进一步加重。