氨基酸代谢是人吃东西引入的蛋白质，或者人体细胞里面的蛋白质先在酶的参与下加水分解后进行代谢。这是一个必须的过程。
植物与微生物的营养类型与动物不同，一般并不直接利用蛋白质作为营养物，但其细胞内的蛋白质在代谢时仍然需要先行水解。水解分解代谢过程中产生的氨，在不同动物体内，可以以氨、尿素、尿酸等形式排出体外。
某些氨基酸可以通过特殊的代谢途径转变成嘌呤、嘧啶、某些激素、色素、生物碱等。氨基酸的分解代谢主要是肝脏中进行。