运动后膝盖内侧疼痛很可能是因为跑步时间过长，导致膝盖部位的关节有较重的磨损，或者膝盖周围的肌肉韧带受到较强的牵拉引起的，应该停止膝盖的活动，使膝关节休息，同时对膝关节进行按摩、热敷来缓解，有条件的可进行烤电、针灸等方式治疗。
如果不能缓解，还可能是由于用力不当，导致膝关节发生错位、肌腱断裂、骨折等引起的疼痛，需要对膝关节进行CT检查，明确受损的原因以及严重程度，然后再判断选择保守还是手术治疗。
运动时要注意控制好强度和时间，尽量避免对膝关节造成损伤，才可以得到很好恢复。