肩胛骨内侧酸痛的原因，可以因为年龄增大以后的退行性变、骨质疏松和增生。这种情况因为代谢减慢、钙质流失增加、吸收减少，骨的强度密度减低会造成局部骨质增生、退行性变，骨质呈网眼状疏松，对重力和运动抵抗力不足，出现酸痛不适，在肩胛骨内侧脊柱比较明显。同时，活动过多造成的肌肉劳损和局部的炎症渗出，也会刺激神经，产生肩胛骨内侧的酸痛不适。
肩胛骨内侧酸痛，还要注意有没有反酸、恶心、咳嗽、咳痰、心慌、胸闷，一些心肺疾病和胃肠道疾病，像胸膜炎、肺炎、心肌缺血以及反流性食道炎，也会反射性地引起肩胛骨内疼痛，包括胰腺和胆囊的疾病，需要针对具体的情况进行检查。
肩胛骨内侧酸痛，如果是一个局部的小范围，要注意有没有神经出口的卡压，这种情况在一个点会出现酸痛不适比较明显，也需要对症检查清楚以后进行治疗。