食物中毒和胃肠炎的临床表现并不完全相同，食物中毒的临床症状相对胃肠炎比较严重。
食物中毒通常由胃肠型食物中毒和神经型食物中毒两种不同情况。对于胃肠型的食物中毒，通常有剧烈的恶心、呕吐，伴随呕吐物为胃内容物，常有剧烈的腹痛，多为肚脐周围的绞痛。腹泻通常是以稀水样便，伴随着黏液脓血便，有的患者还有腥臭味。对于普通的胃肠炎没有上述典型的严重腹泻、腹痛的临床症状。
对于食物中毒的患者，通常还会伴随着寒战、高热、头痛、肌肉酸痛，而胃肠炎也没有上述典型的情况。对于食物中毒，通常有神经型食物中毒，这种情况患者以头晕、头痛为主，而胃肠炎并没有上述的临床症状。