早上醒来肩膀酸痛可能是因为白天活动过多，或者扭伤以后造成了局部炎症渗出，肌肉有轻微撕裂或者损伤以后，会刺激神经产生肩背酸痛。
长时间的不良姿势会造成慢性损伤，会有韧带钙化、僵硬、粘连，休息不够早上醒来也会有酸痛，这种慢性损伤可能伴随着骨性增生有滑膜渗出。
夜间活动减少以后血液循环差，在早上醒来刚开始活动时会感觉疼痛严重，夜间积聚的炎症会刺激产生酸痛不适的情况。年龄增大以后的肩周炎、骨质增生、疏松也会造成酸痛不适，需要适当补钙。
早上起来肩膀酸痛还和颈椎病刺激到神经根，引起的放射痛有关系。还要注意肩膀酸痛有没有红热、肿胀，排除一些炎症刺激、细菌感染等造成的侵袭。因而引起的疼痛，都需要检查清楚以后对症治疗。