跑步后膝盖后窝疼应该及时禁止膝盖部位的活动，然后根据引起疼痛的原因对症治疗。
如果后窝痛是由于用力不当导致局部拉伤引起，可通过理疗、外用膏药等方式治疗，因为拉伤后会伴有一定的肿胀，同时还会出现无菌性炎症，通过促进局部的血液循环，可以促进血肿的吸收缓解疼痛。较为严重的还可服用非甾体类的药物治疗。也可能是膝盖处本身就有积液或炎症，跑步后加重刺激引起的后窝疼。应该进行消炎，积液较多的还需要引流处理。
如果跑步时摔倒出现骨折引起的后窝疼，需要进行复位后固定，然后制动进行理疗促进恢复等。