肢端肥大症和杵状指两者有外形类似的情况，但是也有很大的区别：
第一，肢端肥大症和杵状指发病的原因不同。肢端肥大症是因为生长激素在成年以后仍然分泌过多，或者因为肿瘤的因素造成肢体末端包括头颅的增生，在手指可以表现为手指粗大、皮肤粗糙等改变，包括一些其他内脏、头颅增宽等，外形特点比较明显；杵状指一般是因为慢性的缺氧，像患肺部疾病、心脏疾病以后，造成手指的鼓槌样增生。
第二，肢端肥大症和杵状指相互联系。因为肢端肥大症本身也会造成心脏严重缺血，会造成一定缺氧的情况。
第三，两者的治疗也不相同。肢端肥大症大部分需要手术治疗，而杵状指需要改善局部缺氧情况，治疗肺部和心脏的缺氧和缺血。
最后，肢端肥大症和生长激素有关系，伴随着其他的内脏器官的变化，和杵状指因为缺氧、缺血等引起的局部末端变化，两者在全身影响方面也不相同。