对于不同的食物中毒，其临床表现不同。典型的症状是随着食物中毒累及的部位不同，而有不同的临床情况出现。
对于胃肠型的食物中毒是最为常见的，常表现为出现病原体的感染以后，在经过一段时间的潜伏期之内，出现同胃肠炎相关的症状，例如恶心、呕吐，呕吐物为胃内容物。另外，还有胆汁、黏液等物质，腹痛多为阵发性的绞痛，以肚脐周围的绞痛为主。腹泻为黄色稀水样便或水样便，伴随有黏液、脓血。另外，还有患者出现寒战、发热、头晕、头痛。
神经性的食物中毒通常有头晕、头痛、肌肉瘫痪，有的患者还会出现抽搐等临床表现。