跑步小腿骨头疼，首先应考虑可能是由于跑步时间过长，或者是跑步的距离过长导致运动量过大，致使参与运动的骨头长时间受到压迫。而跑步的过程当中小腿对身体起到主要的支撑作用，就容易造成小腿骨头疼。
其次，可能是关节过度磨损所引起。如果经常性地长时间跑步而且跑步速度过快、运动量过大，容易造成骨关节过度磨损，也可能会引起小腿骨头疼。
另外，还可能为缺钙导致的骨质疏松所引起，伴随年龄的增长，机体的钙质流失越多容易出现骨质疏松，也会在跑步运动后出现小腿骨头疼。