有多个外口、多根瘘管或者多个内口的肛瘘，才称为复杂性肛瘘。复杂性肛瘘通过以下一些检查可以确诊：
第一，体格检查。复杂性肛瘘的患者，医生可以在肛门周围看到有多个肉芽肿性外口，在肛缘皮下可触及多根条索状瘘管走向肛内；或者可以在肛门指诊时，触及多个肛隐窝有硬结或者凹陷。
第二，辅助检查。包括肛门周围彩超、直肠腔内超声以及肛周磁共振检查。其中肛周磁共振检查最清楚，可以在检查下明确瘘管的数量和走形以及内口的数量和位置。