复杂性肛瘘应该与单纯性肛瘘相鉴别诊断。只有单一的内口、瘘管和外口的称作单纯性肛瘘，临床上较常见。单纯性肛瘘手术比较简单，因瘘管位置低，很容易就将其剔除，术后一般不会复发。
有两个或两个以的内口，瘘管和外口的称为，复杂性肛瘘，临床上比较少见。复杂性肛瘘又分为，低位复杂性肛瘘和高位复杂性肛瘘。两者的区别在于瘘管行经的位置。
瘘管行经外括约肌深部上方的为高位复杂性肛瘘，瘘管行经外括约肌深部下方的为低位复杂性肛瘘。复杂性肛瘘的手术难度大，尤其是复杂性高位肛瘘。因其瘘管位置深，不容易剔除，术后容易复发。具体手术方案还是应该由专科医生制定。