复杂肛瘘主要是根据其外口和瘘管而决定的，如果有多个外口和瘘管，那么即称为复杂肛瘘，而低位肛瘘主要是根据瘘管位置高低而进行分类，低位肛瘘主要是指瘘管位于外括约肌深部以下，可以分为低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘。
也就是说低位肛瘘可以包括低位复杂性肛瘘，而复杂肛瘘可以分为低位复杂性肛瘘和高位复杂性肛瘘，以上即为两者的区别，也就是说如果复杂肛瘘是低位复杂性肛瘘的话，那么低位复杂性肛瘘是属于低位肛瘘的范畴。