高位肛瘘和低位肛瘘是有区别的。肛瘘是较为常见的肛肠疾病，可分为内口、外口和瘘管三部分。按照位置的高低，又可分为低位肛瘘和高位肛瘘。
低位肛瘘瘘管主要在外括肌深部以下，高位肛瘘瘘管在外括肌深部以上，低位肛瘘通常较为简单，只有一个外口。而高位肛瘘可能会出现多个外口，瘘管的走向也较为复杂。
手术是治疗肛瘘的唯一方式。低位肛瘘手术简单，可采取肛瘘剔除术。而高位肛瘘手术较为复杂，通常采取肛瘘挂线术，防止损伤肛门括约肌，高位肛瘘做手术后复发的几率比低位肛瘘高。