高位肛瘘和低位肛瘘是指瘘管位置高低的不同，评价肛瘘瘘管位置的高低，主要是依据瘘管和肛直环相互之间的位置关系。
肛直环是构成人体肛门功能最主要的一个解剖结构，包括肛门内括约肌以及肛门外括约肌等等组织，环形包绕在肛门周围，通俗地称当肛瘘瘘管位于肛直环的下方时就属于低位肛瘘，手术时直接将瘘管切开或者切除，并不会造成肛直环很严重的损伤，不会导致术后肛门失禁。
而如果肛瘘瘘管位于肛直环的上方，就属于高位肛瘘，直接将瘘管切开后，就有可能导致肛直环严重受损，而引发术后肛门失禁。