高位肛瘘和低位肛瘘的区别主要就在于瘘管发生的位置不同。
高位的肛瘘瘘管往往是位于肛门外括约肌深部以上，也就是远离肛门的位置。而低位的肛瘘主要是位于肛门外括约肌深部以下，是靠近肛门的位置。
高位的肛瘘相对对于肛门周围肌肉的组织损伤性会更大，而且手术的难度也会更高。在手术的过程当中，对于肛门周围肌肉组织破坏也会更多，也更容易发生手术以后的肛门失禁。
低位的肛瘘相对可以直接通过手术的方法切除原发的感染内口，切除肛瘘的瘘管以及管道部分，相对术后复发的几率会更低一些。