低位复杂性肛瘘需要做挂线术，肛瘘分为内口、外口、瘘管。
低位复杂性肛瘘位置较低，瘘管可有多条；低位复杂性肛瘘必须要通过手术治疗，手术过程中一定要找到感染的裂口，并切除所有的瘘道，低位复杂性肛瘘虽然位置较低；但是，要把多条瘘道和内口切除，需要做挂线术，手术操作简单，出血少。
低位复杂性肛瘘比单纯低位肛瘘复发率要高，建议要到正规的肛肠科就诊，由富有经验的肛肠科医生做手术，可以降低术后的复发率，术后要注意局部伤口的消毒和定期换药。