此病的临床表现比较典型，通过询问病史、结合肛门查体一般即可明确诊断。
首先，可通过查体发现在肛门周围皮肤上有溃口，即外口，在肛门周围的软组织中可摸到索条或硬结通入肛内；肛门镜检查在齿状线处可发现因炎症刺激而肿胀充血的肛窦，即内口。
辅助检查方面可行x线摄片瘘管造影，将碘化油或泛影葡胺从外口注入，摄片时即可见瘘管的深浅、分支及与邻近器官的关系。此法多用于高位复杂性肛瘘的内口位置确定，还可以行核磁共振检查和直肠腔内b超检查。