腘窝囊肿很少能够自己消失。大部分的腘窝囊肿是由于膝关节积液引起，往往没有完整的囊壁，随着积液的增加，膝关节积液通过间隙进入囊肿，囊肿会逐渐的增大，压迫腘窝的神经和血管，引起下肢的麻木和疼痛。
如果囊肿比较小，可以先进行观察，平时减少膝关节的负重，局部进行热敷，促进积液的吸收。
如果囊肿进行性的增大，引起了不适感比较明显，就需要去正规医院的骨科，由专业医生进行手术切除，并且封闭囊肿与膝关节相通的小孔，防止出现复发。