做胃镜肠镜对身体造成的伤害不大，胃镜检查是有创性的操作，检查过程中，可能造成轻微的摩擦损伤，但这种损伤多数是可以忽略不计。
肠镜检查对身体有害，但可以逆转，肠镜检查是一种有创检查方式，在检查的过程中，由于内窥镜需要进入肠道，必然会对肠黏膜造成一定的侵袭。
很多人在做完肠镜检查以后，可能会出现肠道胀大、黏膜水肿、黏膜出血等各种不适症状，但这些症状在休息一段时间后，很快可以得到改善，因此不会留下严重的后遗症。