治疗肠胃炎可以应用抗生素、止泻药、解痉止痛药、抑酸药等治疗。肠胃炎大多因为细菌、病毒的作用引起的，可表现为腹痛、腹泻、呕吐等症状。
如果确诊是细菌引起的肠胃炎，通常需要用抗生素抗感染治疗，比如左氧氟沙星、环丙沙星等。
呕吐严重时可给予氯丙嗪止吐。腹痛严重可给予654-2、阿托品等缓解肠道平滑肌的痉挛，改善疼痛。胃酸过多可给予奥美拉唑，阻断胃酸的分泌。给予氟哌酸止泻治疗，配合益生菌调理肠道菌群，常用的有双歧杆菌、枯草杆菌等。