急性肾小球肾炎首先需要与以急性肾炎综合征起病的肾小球疾病相鉴别。
主要包括，
第一，其他病原体感染后的急性肾炎。目前较常见于多种病毒感染，感染极期或感染后3到5天发病，病毒感染后急性肾炎多数临床表现较轻，常不伴血清补体下降，少有水肿和高血压，肾功能一般正常，临床过程呈自限性。
第二，系膜毛细血管性肾小球肾炎。临床上除了表现急性肾炎综合征以外，经常伴有肾病综合征，病变持续无自愈倾向。
第三，系膜增生性肾小球肾炎，患者血清c3一般正常，病情无自愈倾向。另外还需要以急进性肾小球肾炎相鉴别。急进性肾小球肾炎起病过程与急性肾炎相似，但除急性肾炎综合征外，多数早期出现少尿、无尿、肾功能急剧恶化为特征。还需要鉴别系统性疾病肾脏受累。系统性红斑狼疮肾炎及过敏性紫癫肾炎可呈现急性肾炎综合征此外，细菌性心内膜炎肾损害、原发性冷球蛋白血症肾损害、小血管炎肾损害等，也可以表现为急性肾炎综合征，部分也可以出现低补体血症。可以根据其他系统受累的典型临床表现和实验室检查加以鉴别。