肛瘘位置的高低主要根据瘘管与一个重要组织的关系来区分。
这个重要的组织就是肛直环。肛直环是由内括约肌和肛提肌等组成，是维护肛门功能的最主要组织。当瘘管位于肛直环下方时就属于低位肛瘘，而当瘘管穿越了肛直环就属于高位肛瘘。
所以低位肛瘘即使将整根瘘管完全切开或者切除，也不会对肛直环造成很大的损伤。不会造成患者出现术后肛门失禁。而高位肛瘘如果单纯行瘘管切开或者切除术，就可能对肛直环造成很大的损伤，而导致患者出现术后肛门失禁。