为了理解低位肛瘘，首先必须明确肛瘘的定义。肛瘘主要是肛管或直肠与肛管周围皮肤相通的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三个部分组成。按照瘘管位置高低进行分类，可以将肛瘘分为低位肛瘘和高位肛瘘。低位肛瘘主要是指瘘管位于外括约肌深部以下，可以将其分为低位单纯性肛瘘（只有一个外口和瘘管）和低位复杂性肛瘘（主要有多个外口和瘘管）。
大部分的肛瘘主要是由于肛管直肠周围脓肿所引起。因此内口多在齿状线上肛窦处、脓肿自行破溃或者切开引流后形成外口，位于肛周皮肤。由于外口生长较快，常使脓肿假性愈合，导致脓肿反复发作、破溃或切开，形成多个瘘管和外口，容易使单纯性肛瘘成为复杂性肛瘘。所以对于低位肛瘘的患者一经确诊，建议早期进行手术治疗。