跑步后膝盖内侧疼痛可为如下原因：
1.鹅足滑囊炎。鹅足滑囊位于膝盖的内侧偏下，是缝匠肌、股薄肌、半腱肌与小腿骨的连接部位的滑囊，上述肌腱协助膝关节的屈伸功能。因此当跑步时膝关节反复屈伸，鹅足滑囊反复摩擦刺激引发炎症，出现膝盖内侧疼痛。
2.膝关节内脂肪皱襞损伤。该脂肪皱襞存在于膝关节内髌腱和半月板之间，起到膝关节屈伸时缓冲摩擦的作用，跑步运动可引起脂肪皱襞充血、水肿，也可表现为膝盖内侧疼。
3.膝关节内侧半月板损伤。半月板为膝关节内负责减震的软骨盘，且下肢力线通过膝关节中内1/3，因此下肢承重内侧半月板大于外侧半月板，当跑步运动后内侧半月板更容易因过度挤压而出现损伤、疼痛表现。
4.膝内侧副韧带负责膝关节内侧稳定性。如果在跑步时因吃力不准、踏空等导致膝关节扭伤或外翻暴力，可引起膝内侧副韧带损伤并出现膝盖内侧疼痛。