三厘米直肠癌低位保肛的后果，最常见的后果是手术后肛门周围组织，受到一定的损伤，控制大便的能力没有手术以前好。在出现稀软便或者稀便的时候，很容易出现不完全的肛门失禁，严重影响患者的生活质量。
同时，还会出现排大便的次数明显增多，有时候一天甚至能达到五六次，这是影响生活质量方面的一些问题。但是最严重的一种后果，就是三厘米的直肠癌保肛手术之后，很有可能会残留一部分的癌灶。
后期发生复发，以及远处转移的几率非常高。需要二次手术，对病人的身体和心理，造成二重打击。