直肠癌低位保肛后是有可能会有肛门痛的，主要与吻合口低有关。
直肠癌低位保肛术后的患者，肛门的功能恢复需要一定的时间，由于术后吻合口可能会出现局部的水肿，可能会引起肛门的疼痛不适，尤其在排便时比较明显。
因此，对于术后的患者应注意肛门的护理，保持肛周皮肤的清洁，保持大便的通畅，避免出现便秘，可进行提肛运动锻炼，促进肛门的功能恢复。多数的患者肛门的疼痛会逐渐缓解，如果肛门疼痛没有减轻，且持续存在，应进行相关的检查，明确具体的原因。