对于慢性乙型病毒性肝炎，乙肝小三阳，常常呈现长期携带，甚至是终身的状态。乙肝小三阳患者实现自发清除很难。
在抗病毒的情况下，乙肝也不容易彻底治愈，就是不容易实现乙肝表面抗原的转阴。患者如果提示肝炎活动表现为转氨酶的升高，或肝脏彩超有异常，这时患者需要考虑进行抗病毒治疗。
α-干扰素治疗有希望实现乙肝小三阳的转阴，但是只有30%的患者有疗效；如果口服核苷酸类似物进行抗病毒治疗，其主要机制是抑制乙肝DNA，不容易实现乙肝表面抗原清除；如果患者是急性乙型病毒性肝炎，乙肝小三阳可以清除，这种乙肝是可以治愈的。