乙肝大三阳和乙肝小三阳都属于乙肝。乙肝大三阳是乙肝表面抗原、乙肝E抗原和乙肝核心抗体阳性，乙肝小三阳是乙肝表面抗原、乙肝E抗体和乙肝核心抗体阳性。这两者最大的区别是大三阳是乙肝E抗原阳性，而小三阳是乙肝E抗体阳性。
在临床上，两者也有区别。乙肝大三阳通常病毒活跃，复制能力强，患者的传染性也较大。乙肝小三阳病毒通常没有大三阳患者活跃，传染性也较弱。但是大三阳和小三阳都可以表现为乙肝携带状态或慢性乙型肝炎状态。
其治疗上也没有太大的区别，都是护肝治疗以及抗病毒治疗。但是其抗病毒效果相比较，反而是乙肝小三阳更难将病毒转至检测值以下。