乙肝三系主要是筛查乙肝病毒感染。乙肝的抗原抗体系统可分为乙肝的抗原跟表面抗体、乙肝的E抗原和E抗体、核心抗原及核心抗体。
在临床上，通常是查乙肝5项，因为血液中的核心抗原难以检测到。其临床主要检测乙肝表面抗原、乙肝表面抗体、E抗原和E抗体，还有核心抗体，临床称为乙肝两对半。
若只有表面抗原阳性，可诊断为乙肝感染。若表面抗原阳性、E抗原阴性、核心抗体跟E抗体阳性，则是小三阳。若表面抗原阳性、E抗原阳性、核心抗体阳性，则是大三阳。通常大三阳比小三阳传染性更强，但只要病毒呈阳性反应，肝功能不正常，不管是大三阳还是小三阳，都表明存在乙肝活动，需要积极抗病毒治疗。
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