上呼吸机首先有可能会引起气压伤，有的时候可以导致气胸，甚至纵隔气肿等并发症。
其次，上呼吸机也有可能会引起呼吸机相关性肺炎。尤其是气管插管或者气管切开，进行有创机械通气时，可能会导致呼吸机相关性肺炎这种并发症。
此外，长期上呼吸机还有可能引起呼吸机的依赖，不容易撤机、拔管。
但是也需要指出，对于呼吸衰竭的患者使用呼吸机治疗是主要的方法之一，有的时候必须给予积极的呼吸机治疗来抢救生命，但是一旦病情得到逆转应该及时地撤除呼吸机，减少上述这些并发症。