甲状舌管囊肿及瘘管术后患者需要时刻关注伤口的情况，并及时更换纱布，严格按照医嘱服药，避免感染的发生。同时患者在术后的前几天应尽量减少进食的次数。
在进食时，食物应多以流食为主，尽量避免吃过于坚硬以及刺激性大的食物，比如坚果、饼干、辣椒、大蒜等。另外，还需戒烟、戒酒。患者在术后还应尽量避免剧烈运动，比如跑步、举重等，以免因喘气对咽部手术部位造成刺激而发生感染。
甲状舌管囊肿及瘘管主要是由甲状舌管退化未完全造成的，在术后存在一定的复发性，因此患者应定期到医院进行复查。