甲状舌囊肿及瘘管恢复时间并不是固定的，一般需要两到四周的时间。甲状舌囊肿及瘘管的治疗主要以手术为主，术后伤口的愈合情况与很多因素有关，因此恢复时间并不是固定不变的。
恢复时间与术后护理、用药情况以及个人体质等因素有关。甲状舌囊肿及瘘管术后需保持伤口的干燥清洁，并严格按照医嘱用药，如果术后并未做好伤口的清洁工作或者未按时用药，有可能会导致伤口发生感染，感染会影响伤口的愈合。
另外，如果个人体质不好，相比于体质好的人，伤口更难以愈合，恢复的时间也会长一些。