甲状舌囊肿及瘘管的并发症主要有舌根部肿胀以及癌变。
如果囊肿发生于舌盲孔下面或前后部，随着囊肿的增大，很有可能会导致舌根部肿胀，进而可引发患者出现进食困难、言语困难以及呼吸困难等症状。另外，甲状舌囊肿及瘘管很容易发生感染。一旦感染后，如果长期不进行治疗，很有可能会发生癌变。
甲状舌囊肿及瘘管主要是由于在胚胎发育时期，甲状舌管退化不全，上皮残留而形成的。一旦患病后，需要及早进行手术切除，及早的进行手术治疗，可以有效的预防疾病发生癌变。