甲状舌管囊肿和甲状舌管瘘一旦发生感染以后，要积极地进行抗感染治疗，包括全身使用抗生素，通过口服或者通过静脉输液进行抗炎治疗。
另外局部如果有明显脓肿形成的，要切开引流。有瘘道形成的，要进行引流冲洗，让其中的脓液和感染物质充分排出来。只有这样才能使囊肿和瘘管的感染更快、更好地愈合。
当然需要强调的是，一定要尽可能预防和避免甲状舌管囊肿的感染，尽量避免甲状舌管囊肿反复感染以后形成甲状舌管瘘。因为一旦囊肿变成了瘘，手术的难度就会增加很多，手术的并发症也会增加不少。所以对于甲状舌管囊肿的患者，尽量早发现，一旦发现以后，要及时进行手术治疗。
如果真的变成甲状舌管，我们要在充分消炎、换药的基础上，在非急性期做瘘道造影，明确瘘管走行方向、深度，充分了解病情的情况下，再进行手术。否则甲状舌管瘘的手术很容易造成有瘘道或囊壁残余，术后造成病变复发的问题。