甲状舌囊肿及瘘管的后遗症主要是疾病容易复发；甲状舌囊肿及瘘管主要是由于胚胎发育时期，甲状舌管未完全退化造成的。
甲状舌囊肿及瘘管不但容易发生感染，而且还可能会发生癌变；因此，一旦确诊后，需要及早进行手术切除，在进行手术切除时，如果舌骨和瘘口周围的感染组织没有被切除干净，在术后是容易复发的。
因此，患者在术后需注意伤口的恢复情况，尽量避免对咽部的刺激，并定期到医院复查，一旦出现疑似复发的情况，应及早进行干预治疗。