胚胎发育期间如果甲状舌管不消失，有残留上皮分泌物聚集可形成先天性甲状舌管囊肿。
囊肿感染，自行破溃或误诊为脓肿行切开引流则形成甲状舌管瘘。甲状舌囊肿亦可见于出生后即存在的原发瘘，甲状舌管瘘如长期不治，还可发生癌变。
治疗方法是手术切除囊肿或瘘管，手术的关键是彻底完善切除，否则容易复发。除切除原发病灶，一般还应该将舌骨中份一并切除。如果仅切除囊肿或瘘管，由于舌骨中可能存在微小的副管这样往往导致复发，所以清除的时候一定要彻底。