蹲下起来膝盖疼是因为膝盖有损伤，这种情况可以因为一过性蹲时间过长，造成肌肉渗出、关节腔异常压力改变，有轻微的滑膜渗出。长时间蹲下起来时血液循环的改变、肌肉炎症的刺激和关节腔内部渗出，都会刺激神经产生膝盖的疼痛。
如果蹲下起来时，膝盖疼痛严重或者经常出现，甚至有蹲下起不来或者蹲下困难的情况，说明膝盖有慢性的劳损和损伤，最常见的是关节的炎症。因为年龄增大以后的退行性变，或者因为外伤、创伤等造成的关节炎。还需要排除其他的疾病，像风湿、类风湿等、痛风对关节的破坏。
关节内部有滑膜增生、半月板损伤、肌肉韧带钙化、粘连，也会出现蹲下起来时膝盖疼。这种情况就要针对膝盖进行详细检查，对症处理。