复杂性肛瘘手术后，一般需要3~4周才能恢复，但不是绝对的，恢复时间因人而异，还有一些患者做过手术后没有得到恢复的。
复杂性肛瘘做过手术后，切口一般是敞开的，不能缝合。切口恢复需要机体自身细胞逐渐堆积生长，等到肉芽增生到一定程度，就可以搭建起皮肤的连接，就可以缓慢愈合，这个过程需要3~4周左右的时间，也有更长时间的。
复杂性肛瘘指的是内口、外口或者是瘘道比较多，有2个或者2个以上，这种手术比较复杂，术中的操作以及后期治疗都特别复杂，术后的护理很重要。