肛瘘手术的恢复时间和手术方式以及肛瘘的类型直接相关。
对于低位单纯性肛瘘，手术简单，术后损伤小，其术后恢复时间一般3~4周。对于低位复杂性肛瘘由于手术创伤相对偏大，所以术后恢复时间相比较单纯性肛瘘要久点，大约需要4~5周。
而对于高位肛瘘，由于需要行挂线术，而术后挂线脱落时间一般需要一周左右，所以其术后恢复时间需要6周以上。对于高位复杂性肛瘘术后恢复时间则更久，严重的需要6~8周以上的时间。