肛瘘手术后一般3~4周以上才能好，一些创伤比较大的肛瘘术患者，恢复时间会明显延长，部分患者需要4~6周才能好。个别患者可能需要6周以上，主要和肛瘘的类型以及手术方式直接相关。
对于一些低位单纯性肛瘘手术，创伤比较小，切口比较浅表，所以术后恢复比较快，一般术后3~4周就可以好。
但对于一些高位肛瘘，甚至高位复杂性肛瘘，手术创伤比较大，切口比较深，所以其愈合时间会明显延长，可能需要4~6周以上，甚至超过6周。