肛瘘手术的时间及恢复期是根据每个患者的具体病情决定的。如果只是一个单纯性肛瘘，位置比较表浅，损伤的括约肌比较少，手术时间一般在半个小时左右，术后的恢复的时间大概半个月左右。但是如果是高位复杂性肛瘘，由于瘘管纵横交错，穿过括约肌、提肛肌、耻骨直肠肌，导致括约肌功能受损，炎症反复侵犯肛周括约肌，如果侵犯肛管直肠环，为了防止术后大便失禁，还需要行挂线治疗，这种情况手术时间可能需要两到三个小时。
术后一定要等到挂线脱落，伤口完全长好以后，所以恢复的时间至少半个月甚至一到两个月以上。总的说来肛瘘术后恢复期一般都非常的长，而且每次换药都非常的痛苦，所以术后一定要定期的复查，以免肛瘘复发再次手术。