复杂性的肛瘘多久能痊愈，要根据患者的具体病情来决定。
临床治疗肛瘘大多要选择手术治疗，高位性的复杂肛瘘治疗较为复杂。有些患者可能需要多次手术治疗才能够达到治愈，而且做完肛瘘手术之后，切口的恢复需要一段的时间，大多要需要一个月左右，甚至两个月，才能够恢复创伤面。
术后护理是尤为重要，每天要保持大便的通畅，可适当喝蜂蜜，润肠通便，多吃新鲜的蔬菜、水果，吃烟酒、辛辣刺激的食物会加重病情。