高位复杂性的肛瘘，只要经过规范、积极的治疗也是能够治愈的。高位复杂性的肛瘘位置较高，内口比较深，可能存在有多条瘘管和外口，而且瘘管的长度也较长，手术较为复杂，但是临床做肛瘘手术较成熟，都能够准确的找到内口和瘘管进行切除。
但是，术后的护理也很重要，因为伤口的修复需要一定的时间，容易出现假性愈合，只要注意抗炎治疗，定期做好消毒和换药，切口部位由内到外能够长出新鲜的肉芽就可以逐渐愈合，最后达到根治的效果。
因此，高位复杂性的肛瘘也是能够治愈的，而且治愈率也非常高。