高位复杂性肛瘘可以治疗痊愈，但需要通过手术治疗。
高位复杂性肛瘘的治疗难度偏大，主要是瘘管位置高并且走形复杂，而且有可能会有多个内口或者多根瘘管。如果在手术的过程中，遗漏了内口或者瘘管的处理，就会导致术后复发。
所以，对于高位复杂性肛瘘，应在术前充分的检查评估。检查项目中比较准确的为肛门周围磁共振检查，可以准确的判断瘘管的走形以及内口的位置，并在手术前设计最适合的手术方案，才能提高治愈率，降低术后复发概率。