复杂性肛瘘是指患者有多个外口或者有多根瘘管的肛瘘。这种肛瘘在临床上相对偏少，治疗难度比较大，由于有可能会遗漏内口的处理，所以术后的复发率也会相对偏高，平均的复发率大约在20%左右。
但复杂性肛瘘并不是无法治愈，大部分的复杂性肛瘘，经手术治疗以后都可以治愈。临床上也有经多次手术后的复杂性肛瘘，并无法治愈的，也建议其带瘘管生存。如果继续手术，有可能会对肛门一些功能造成很大的影响，比如会导致肛门失禁等等。