复杂性肛瘘完全有可能会出现复发。肛瘘的复发率和肛瘘的类型或者复杂程度，以及手术者的临床经验有很大的关系。
复杂性肛瘘术后复发主要是在手术时未处理相应的内口，或者患者有多个内口。而手术时遗漏处理，导致未能切除原发性肛隐窝病灶，而导致肛瘘术后复发。一般在临床上复发率为10%左右。而如果肛瘘手术时，内口已经完全处理干净，没有任何的遗漏，仍然有复发，就有可能是由于特异性感染所导致的复杂性肛瘘，比如结核、克隆病等等。
所以在临床上部分复杂性肛瘘的患者手术前需要先行肠镜检查。