肛瘘有可能会转变为癌症。这种情况多见于慢性长期肛瘘，或者基础疾病多、免疫力低下的患者。
在慢性肛瘘，因其瘘管内外口在慢性炎症刺激下引起局部黏膜，皮肤反复充血、水肿，容易导致细胞变性、组织变异，上皮组织呈腺瘤样增生进而癌变。
肛瘘也可以引起肛周皮肤感染和湿疹样变，局部皮肤防御力减弱或消失，造成细菌、病毒入侵，促使局部皮肤皲裂和肉芽增生，长期受到衣裤摩擦也能导致肛瘘转变为癌症。